由于水利工程檢測機構工作人員的文化素養不夠，其管理概念相對落后，不能充分認知到工程檢測管理對于提高水利工程質量的重要性，依舊將管理標準定位在工程的施工時間以及對成本的控制層面上，從而忽略了提高施工效率及工程質量的重要性，使得基礎理論和工作經驗不匹配，不能實現多元化的水利工程建設。
甘肅省水利工程檢測協會認為，由于水利工程工作性質的特殊性，主要承擔擋水、儲水及泄水的工作任務，施工過程非常錯綜復雜，如果水利工程檢測管理不到位，出現其中一個環節的錯漏，就會直接威脅到施工單位的經濟利益及人民群眾的生命和財產安全。
水利工程檢測管理制度是否完善決定水利工程項目的質量能否得以保障，水利工程檢測管理制度不健全，則會導致考核制度不科學、不合理，無法對員工進行有效的考核及對成本的把控，更無法判斷對工程質量的檢測是否落實到位，同時，對施工的安全及進度沒有完全的掌控性，隨意性太強。
蘭州水利工程檢測公司人員的專業素養對工程檢測工作是否順利起著關鍵性作用，由于工作人員對水利工程檢測的認知度不夠，缺乏專業檢測技術，更因為投入相關資金有限，致使檢測設備不齊全，加之檢測的環境比較復雜，大大降低了工程檢測能力。
當前水利工程檢測市場競爭激烈并無系統有效的監管，主管的相關部門也只是按一定比例抽查，致使很多檢測單位為了經濟效益仍存在僥幸心理，導致檢測工作不規范嚴謹、檢測結果不能真實反映施工質量的真實情況。
目前大多數水利工程檢測市場已經開始自立門戶，不再受政府部門的監管，但是由于其內部管理機制不健全，檢測水平停滯不前，檢測不規范，甚至以低價擾亂市場風氣，近年來，水利工程質量頻頻發生的安全問題值得引人思索。因為水利工程檢測監管不到位，使得水利工程設施整體的穩固性及其安全性受到了嚴重的影響，將給水利工程的質量帶來無窮的隱患。因此，隨著水利工程建設不斷地發展，要想水利工程檢測市場保持持久性的發展，機制改革是水利工程檢測市場面對的重要挑戰。